Il suit alors l'enseignement de Bruce Dickey à la Schola Cantorum de Bâle, dont il obtient le diplôme de concertiste. Il a joué avec des ensembles tels que le Clemencic Consort (René Clemencic), Clément Janequin (Dominique Visse), Les Arts Florissants (William Christie), Collegium Vocale de Gand (Philippe Herreweghe), Concerto Vocale (René Jacobs), Hesperion XXI (Jordí Savall), Huelgas (Paul van Nevel), Cantus Cölln (Konrad Junghänel), Elyma (Gabriel Garrido), La Petite Bande (Sigiswald Kuijken), Il Giardino Armonico etc.

Il fonde l'ensemble La Fenice, avec lequel il obtient le Premier Prix du Concours International de Musique Ancienne de Bruges (1990) et de Malmö (1992). Il a enregistré pour les firmes Ricercar, Accent, Erato, Harmonia Mundi, Sony Classical, Virgin ainsi que pour de nombreuses radios et télévisions nationales en Europe et au Japon.

La série discographique L'héritage de Monteverdi avec le label Ricercar a été saluée par la presse spécialisée comme un "évènement majeur dans l'univers du XVIIe siècle..." (Répertoire, avril 1998).

Par ailleurs, Jean Tubéry enseigne le cornet à bouquin et donne des cours d'interprétation au Conservatoire Supérieur - C.N.R. de Paris. Il a été invité à donner des master-classes aux conservatoires national de Lyon, du Luxembourg, au Centre vocal européen, au Mannes college de New York, à l'université d'été du Connecticut et à la Schola Cantorum de Basel.

Son intérêt pour le répertoire vocal l'amène également à la direction de choeur, qu'il a étudiée auprès de Hans Martin Linde et Pierre Cao. Il a ainsi été sollicité par des ensembles tels que Jacques Moderne (Tours), Dunedin Consort (Edimburgh), Arsys/Pôle d'art vocal de Bourgogne et le Choeur de Chambre de Namur avec lequel il collabore régulièrement, sur un répertoire allant de la Renaissance au baroque français du Grand Siècle. Leurs récents enregistrements consacrés à Giovanni Gabrieli et à Marc Antoine Charpentier ont été qualifiés par la critique de "références dans ce domaine".

En 2001, Jean Tubéry a été nommé Chevalier de líordre des Arts et des Lettres par le Ministre de la Culture Catherine Tasca.