Né en 1965 à Milan, il fait ses études musicales à la Civica Scuola di Musica de sa ville natale ainsi qu'au Conservatoire de Genève. Giovanni Antonini est un des fondateurs de l'ensemble, avec lequel il s'est produit en concerts dans les métropoles musicales européennes ( Berlin, Londres, Bruxelles, Paris, Zurich, Saint - Petersbourg ) aussi bien en tant que flûtiste à bec solo que comme chef d'orchestre.

Giovanni Antonini était à la tête du Giardino Armonico pour les représentations de l'Orfeo de Monteverdi et de la Serva Padrona de Pergolesi. Il dirige aussi dans le cadre des Journées Bach de Milan, qui réalisent l'intégrale des cantates de Bach. Giovanni Antonini a mis en route ce projet avec le Giardino Armonico en mai 1994.