Lorsque avec un groupe d'amis, il fonde en 1966 La Grande Ecurie et La Chambre du Roy, le domaine de la musique ancienne ne connaît pas le même engouement qu'aujourd'hui. Instrumentiste de tout premier ordre, doublé d'un musicologue actif, il est en fait l'homme d'une aventure qui a fait renaître tout un pan de l'histoire de la musique jusqu'alors ignoré ou interprété avec des critères datant du romantisme ou du wagnérisme. Dans une large mesure, il a été le découvreur qui a ouvert à d'autres la voie d'un renouveau.

Jean-Claude Malgoire a donné plus de 2000 concerts aux quatre coins du globe, exhumé un chapelet de joyaux baroques. Cet esprit curieux, avide de découvertes fécondes, ne limite pas son champ de recherches à la seule musique du passé : il a été soliste de l'Ensemble Européen de Musique Contemporaine initié par Bruno Maderna.

Jean-Claude Malgoire appartient incontestablement aux rares musiciens capables d'embrasser d'un même geste enthousiaste mille ans d'histoire de la musique.