Comme celles de nombreux compositeurs de l'époque, les oeuvres publiées d'Agazzari étaient des madrigaux à trois, cinq et six voix, et son premier recueil de motets, publié à Rome en 1602, est lui aussi a cappella. Mais à partir de 1603, ses oeuvres sacrées contiennent une partie séparée de basso con tinuo.

Au tournant du siècle, Agazzari séjourna à Rome pendant plusieurs années, composant alors pour les fêtes du carnaval de 1605 au Seminario Romano un dramma pastorale intitulé Eumelio, dans le style de la Rappresentatione di Anima et di Corpo de Cavalieri (1600) et comprenant des récitatifs, des airs strophiques pour voix soliste et continuo et des choeurs.

Peu après, Agazzari retourna à Sienne pour y assumer le poste d'organiste et de maestro di cappella à la cathédrale. Il fut fait membre de l'Accademia degli Intronati, prenant le nom d'"Armonico Intronato" (qui apparut sur toutes ses publications àpartir de 1606). Il établit sa réputation en publiant l'un des premiers traités d'accompagnement d'un ensemble à partir d'une basse non chiffrée, Del sonare sopra 'l basso con tutti li stromenti e dell'uso loro nel conserto (1607).

Modèle de concision, le traité d'Agazzari divise les instruments du continuo en deux groupes, les fondamentaux et les ornementaux, la flûte, le théorbe et la harpe appartenant aux deux. Il fut vanté par Adriano Banchieri, qui en incorpora une version dans ses Conclusioni nel suono deIl'organo (1609).

Michael Praetorius en cita et en paraphrasa de larges extraits dans le troisième volume de son Syntagma musicum (1618)