Fue organista de la Catedral de Huesca. Más tarde lo encontramos con el mismo cargo ("Portionarius et organis praeceptor") en Zaragoza, en 1603. Publicó en la referida ciudad, en 1618, una colección de hermosos "Magnificats" ("Canticum Beatissimae Virginis Deiparae Mariae..."). En estas obras aparece Aguilera manejando con maestría la ciencia polimelódica, y siguiendo las tradiciones técnico-musicales peninsulares, cultiva la variación vocal con profundo sentimiento religioso y método severo.

Los trabajos de Aguilera han venido siendo interpretados hasta nuestros días en diversas catedrales españolas. Y la difusión de su obra demuestra como se ha apreciado su nombre en la Península Ibérica. En la "Biblioteca Central" de Barcelona se conserva un "Pange Lingua" para órgano, de Aguilera, pieza calificada como "la Reina de los "Pange Lingua" por el copista del manuscrito.

Antes hemos dicho que existen algunas composiciones autógrafas de Aguilera, en la Catedral Primada de Bogotá. Además de estas obras, los archivos de dicho templo conservan intacta la edición de los treinta y seis "Magnificats" a que acabamos de aludir, verdadero tesoro artístico.