Morales compuso a lo largo de su vida una enorme cantidad de música, en su inmensa mayoría piezas en latín para la liturgia editadas en imprentas de Lyón, Wittenberg, Núremberg, Augsburgo, Amberes, Milán, Roma y Venecia. La demanda de obras suyas fue tan grande a lo largo, por lo menos, de los cincuenta años que siguieron a su muerte que algunos impresores de Alcalá de Henares, París y Sevilla se sumaron a ese impresionante listado de centros de edición internacionales. Aquellas publicaciones, así como las copias manuscritas de las composiciones de Morales, garantizaron a su considerable obra la distribución internacional más amplia posible. Cuando en la lejana Ciudad de México se hizo una selección de piezas para las honras fúnebres celebradas en 1559 con motivo del fallecimiento de Carlos V, la música escogida fue de Morales. Francisco Cervantes de Salazar, profesor de retórica de la universidad de México, inicia así su descripción espléndidamente detallada de aquellos funerales:

Hecho esto con toda pompa y autoridad posible, y después que todos se hubieron sentado, se comenzó la Vigilia mayor en esta manera: el maestro de capilla haciendo dos coros de música para el invitatorio, que en el uno se dijo Circumdederunt me, y en el otro el psalmo Exultemus, todo en canto de órgano, compuesto por Cristóbal de Morales: comenzóse la Vigilia con tanta devoción y suavidad de voces, que levantaba los espíritus.

Morales desconocido

Aunque la fama internacional de que gozó Morales a lo largo de toda su vida prolongó sus ecos durante siglos después de su muerte, es notable el escaso conocimiento actual de su música. La edición de sus obras sigue estando incompleta, lo que hace que la tarea de trasladar al público sus extraordinarias composiciones sea una empresa difícil para cualquier intérprete, exceptuados los más emprendedores. Nuestro conocimiento de la vida de Morales es aún desconcertantemente deficiente. Casi toda la información que poseemos sobre la biografía de Morales procede de investigaciones realizadas en las décadas de 1940 y 1950 por dos musicólogos notables: José María Llorens Cisteró y Robert Stevenson. Hasta los estudios más recientes de otra norteamericana, Alison Sanders McFarland, nuestro conocimiento de la vida del músico se basaba casi por entero en datos extraídos de archivos hace más de medio siglo.