Sin embargo, nuestro conocimiento de la música de Carissimi se ve afectado, si lo comparamos con la época de Pitoni, por la pérdida irreversible de todos los manuscritos del compositor. Las obras del maestro han sido víctimas de una lastimosa broma de la historia: a los pocos días de su fallecimiento, el jesuita superior del colegio, consciente del valor inestimable de aquel legado, consiguió que Clemente X publicara un breve papal en el que se instaba, bajo pena de excomunión, a que nadie trasladara, redujera o vendiera in toto o in parte la obra de Carissimi conservada en el archivo del centro. Y, por un giro funesto de las óptimas intenciones originales, fue ésa la causa de la catástrofe sufrida por la música de Carissimi, pues, al suprimirse la orden jesuítica en 1773, el archivo del colegio se dispersó en su totalidad. Pietro Alfieri, estudioso nacido a comienzos del siglo XIX, describe aquel suceso con estas amarguísimas palabras:

“[...] tras producirse la supresión de la Compañía de Jesús en el siglo pasado, se robaron los preciosos archivos de Sant’Apollinare y de la iglesia de Jesús, y todos sus documentos fueron vendidos a peso. El canónigo Massaiuoli [...] contaba que su buena fortuna le había permitido recuperar en una charcutería unas tres mil libras de partituras pertenecientes a la iglesia de Sant’Apollinare. Eso significa que los bellos originales de Carissimi, tan deseados en la actualidad, sirvieron, probablemente, para envolver mantequilla y boquerones [...]”. El único retrato del maestro, citado en la biografía de Pitoni, corrió una suerte idéntica. Está ya comprobado que el grabado que, según una opinión generalizada, representaba el rostro del compositor, reproduce los rasgos de un desconocido pastor holandés, un tal Alexander Morus, sepultado al abrigo del templo.

Intentemos imaginar por un momento que se hubiesen perdido todas las obras de Leonardo da Vinci y nos viéramos obligados a reconstruir la identidad artística, las fases creativas y la evolución de las peculiaridades estilísticas de aquel gran artista mediante copias de alumnos dispersas por toda Europa, sin posibilidad de ordenarlas cronológicamente ni verificar de manera indubitable la paternidad del modelo. No hay duda de que este paralelismo con el arte figurativo no es perfectamente simétrico, pero los estudiosos de Carissimi se hallan en una situación análoga, enredados en mil problemas de atribución, obligados a navegar por el mar abierto de una falta completa de referencias cronológicas, convencidos de haber identificado los trazos inconfundibles del autor en una obra que, al cabo de unos años, se atribuye con seguridad a otra mano –lo cual no es un caso esporádico en la historia de los estudios sobre Carissimi–. Por otra parte, carecemos aún hoy de una biografía exhaustiva del compositor, y los estudios musicológicos dedicados a él, bastante esporádicos, sufren de esa carencia historiográfica estructural.