Il fut membre de l'Accadémia Filarmonica, musicien à San Petronio et finalement maestro di capella à San Giovanni in Monte jusqu'en 1689

De Bologne, il se rendit à Milan pour répondre à une commande du duc de Modène, et de là à Rome, Via Bologne, où il joua dans l'orchestre du cardinal Pamphili. Durant ses années au service de Filippo Colonna à Rome, Bononcini collabora avec le poète Silvio Stampiglia pour six serenatas, un oratorio et cinq opéras, dont le dernier, Il Trionfo di Camilla, fut le plus grand succès du carnaval 1696-1697 à Naples.

Ses opéras étaient alors donnés dans toute l'Italie, mais sa réputation lui venait tout autant de ses cantates.

Sa musique avait un impact tel qu'en 1698 il fut engagé à la cour de Leopold Ier à Vienne, où il devint l'un des musiciens favoris de son héritier Joseph Ier .