Son premier opéra connu, l'Errore innocente, fut produit à Rome en 1679. En 1684, une œuvre déjà plus importante, Pompeo, fut jouée à Naples, et Scarlatti fut alors nommé maître de chapelle de la cour de Naples. Entre 1702 et 1703, il vécut à Florence, sous la protection de Ferdinand de Médicis. Ensuite, Scarlatti fut assistant maître de chapelle de Sainte-Marie-Majeure, à Rome, puis devint maître de chapelle du Cardinal Otto boni.

Rappelé à Naples en 1708, il reprit ses fonctions de maître de chapelle pour le vice-roi et dirigea le conservatoire Sant' Onofrio. De 1719 à 1723, il travailla de nouveau à Rome et retourna ensuite à Naples, où il vécut jusqu'à sa mort.

Scarlatti fut l'un des premiers compositeurs d'opéra à faire une réelle distinction entre l'aria (chanté) et le récitatif (déclamé). Ses ouvertures d'opéra ont donné naissance à un genre napolitain en trois mouvements, suivant respectivement des tempos rapide, lent et rapide.

Il introduisit l'aria da capo, forme en trois parties (ABA), omniprésente dans l'opéra du XVIIIe siècle. De plus, il enrichit l'orchestre d'opéra de trompettes, hautbois, flûtes et cors, ainsi que la section des cordes.

Prises dans leur ensemble, ces innovations eurent pour effet conjugué l'établissement d'une structure plus rigide, qui s'opposait aux œuvres précédentes plus libres comme celles de Monteverdi.

Environ soixante-dix opéras de Scarlatti nous sont parvenus, dont certains furent joués au cours du XXe siècle après avoir été oubliés pendant plus de deux cents ans. Ses cantates (plus de six cents en tout) ont introduit de nombreux procédés harmoniques, parfois très audacieux, dans le vocabulaire musical de cette époque.