En avril 1683, Charpentier, ambitionnant une reconnaissance à sa mesure, se présente avec trente-cinq autres musiciens, au concours du recrutement des sous-maîtres de musique pour la Chapelle royale. Malheureusement, la maladie l’empêche d’aller jusqu’au bout des épreuves. Quelques mois après le concours, la reine de France Marie-Thérèse meurt. Pour célébrer sa mémoire, Charpentier écrit trois superbes pièces : une sorte de grande histoire sacrée In obitum augustissimæ nec non piissimæ Gallorum reginæ lamentum suivie d’un De profundis, et le petit motet Luctus de morte augustissimæ Mariæ Theresiæ reginæ Galliæ. Charpentier est encore musicalement présent auprès de la famille royale pour fêter la guérison de la fistule de Louis XIV. En février 1687, il reçoit une commande de l’Académie de peinture et de sculpture pour faire jouer dans l’église des Prêtres de l’Oratoire de la rue Saint-Honoré un Te Deum et un Exaudiat « à deux chœurs de musique » de sa composition afin de « rendre grâces à Dieu du rétablissement de la santé du roi ».

Musique pour les couvents

Pendant ces années 1680, des couvents de religieuses comme Port-Royal de Paris et l’Abbaye-aux Bois demandent des pièces à Charpentier. Pour le premier, ce sont une Messe et des motets (Pange lingua, Magnificat, Dixit Dominus, Laudate Dominum), pour le second des Leçons de Ténèbres accompagnées de Répons. Au XVIIe siècle, l’office des ténèbres constituait un des temps forts de la liturgie. Il se déroulait durant la Semaine Sainte. Les leçons, à raison de trois par jour, prenaient place au premier nocturne des matines. Le texte est puisé dans les Lamentations de Jérémie où le prophète pleure la ruine de Jérusalem. Comme dans beaucoup d’autres genres, Charpentier est le seul compositeur français de son époque à avoir laissé un aussi grand nombre de leçons de ténèbres. Dans ses premières leçons de une à trois voix, Charpentier développe un style spécifiquement français hérité de l’air de cour, très ornementé, tout en restant fidèle au « tonus lamentationum » grégorien et en y joignant la richesse de son harmonie. Les leçons plus tardives abandonnent ce type d’écriture pour celle du petit motet concertant avec instruments.