Etant donné la fierté que les organistes tiraient de leurs improvisations, certains étaient peu disposés à les coucher sur le papier ou à en céder une copie. Dans Der musicalische Quacksalber, Kuhnau décrit un musicien qui, lorsqu’en possession “d’une belle pièce, aurait préféré donner son manteau ou son pantalon plutôt que de devoir en révéler la moindre note à un autre musicien”. S’il devait interpréter une pièce devant une personne qu’il suspectait de vouloir en tirer profit, il faisait délibérément en sorte de ne rien montrer de fantastique. “Je sais qu’une fois, un excellent organiste en présence d’un admirateur attentif, joua comme si ses doigts étaient lestés de plomb et comme si les motets [les plus élémentaires] d’[Andreas] Hammerschmidt avaient été son étude de prédilection, tout en sachant qu’une autre personne alors présente pouvait le recommander auprès d’un grand prince, et lui permettre ainsi d’obtenir un salaire fabuleux”. Johann Adam Reincken, l’ami de Buxtehude à Hambourg, était de ce genre d’organiste et pourrait avoir été tenté par ce goût du mystère. Dans la seule publication qui nous soit parvenue — un livre de sonates pour trio, Hortus musicus (1688) — Reincken exprimait sa réticence à publier ses œuvres, réticence qui semble manifestement expliquer l’absence de sa production aujourd’hui. Il existe uniquement cinq pièces pour orgue connues de Reincken, mais il est possible que d’autres aient été perdues.

Buxtehude, au contraire, était ravi de coucher sur le papier ses compositions pour orgue et de les partager avec d’autres interprètes. Il adressa de nombreuses pièces écrites de sa main au théoricien d’Allemagne centrale, Andreas Werckmeister. Ces copies furent plus tard transmises au cousin de Bach, Johann Gottfried Walther. D’autres pièces ont pu être écrites par ses élèves ou encore leur avoir été dictées au cours d’une leçon. Très certainement, les exemples d’autres organistes, comme Bach ou Sweelinck, suggèrent que la principale raison de leur composition était de fournir un répertoire de travail à leurs élèves.

Pourtant, aucune pièce pour orgue autographe de Buxtehude ne nous est parvenue. La majorité de sa production pour cet instrument a été conservée dans les manuscrits compilés par les organistes d’Allemagne centrale des générations suivantes, comme Walther ou les membres de l’entourage de Bach. Bien que certains de ces manuscrits puissent provenir de copies faites par Bach lui-même lors de sa visite en 1705, ce ne sont, en fait, que des sources de troisième ou quatrième main. Alors que Buxtehude a dû noter ses pièces en tablature pour orgue allemande, Walther et l’entourage de Bach utilisaient la notation en portée. Inévitablement, ils introduisaient des erreurs et ajoutaient des ornementations et des indications de changement de claviers convenant à leurs propres goûts. Par conséquent, les sources des pièces pour orgue dont nous disposons sont difficiles à interpréter, et pléthore d’éditions modernes ont fait leur apparition, chacune avec sa propre lecture des sources (en particulier pour les praeludia et d’autres pièces libres). L’édition de Klaus Beckmann cherche ainsi à les dépouiller des ajouts faits par les copistes, estimant que ses connaissances stylistiques lui permettent de retrouver les intentions de Buxtehude. Au contraire, l’édition de Michael Belotti prend une seule source comme base pour chaque pièce, et présente le praeludia sur deux portées afin de donner à l’interprète le choix pour l’utilisation des pédales.