Malheureusement, par rapport à l’époque de Pitoni, notre connaissance de la musique de Carissimi souffre de l’irréversible perte de tous ses manuscrits. Les œuvres du maître furent victimes d’un triste hasard de l’histoire. En effet, peu de temps après sa disparition, le supérieur du Collège Germanique jésuite, conscient de l’inestimable valeur de ce legs, parvint à obtenir de Clément X un bref papal dans lequel, sous peine d’excommunication, il était défendu à quiconque de déplacer, de diminuer ou d’aliéner, en tout ou en partie, l’opus de Carissimi conservé dans les archives de l’école. Mais par un funeste retournement, des intentions à l’origine excellentes se révélèrent une catastrophe pour la musique de Carissimi lorsqu’en 1773, avec la dissolution de l’ordre des Jésuites, les archives du Collège furent totalement dispersées. C’est avec une grande amertume que l’événement est décrit par Pietro Alfieri, un érudit du début du XIXe siècle :

“[...] après la dissolution de la Compagnie de Jésus survenue au siècle dernier, les précieuses archives de Saint-Apollinaire et de l’église de Jésus furent détruites, et tous les papiers furent vendus au poids. Le Chanoine Massaiuoli [...] disait avoir eu la fortune de pouvoir racheter à un charcutier quelque trois mille livres de partitions ayant appartenu à l’église de Saint-Apollinaire. Si bien que les magnifiques manuscrits de Carissimi, que nous souhaiterions tant avoir aujourd’hui, servirent probablement à emballer le beurre et les anchois [...]”. Il en alla de même pour l’unique portrait du maître, cité dans la biographie de Pitoni, et il est aujourd’hui établi que la gravure généralement considérée comme représentant le visage du compositeur reproduit les traits d’un obscur pasteur hollandais tombé dans l’oubli, un certain Alexander Morus.

Imaginons l’espace d’un instant que toutes les œuvres de Léonard de Vinci aient été perdues et que nous soyons obligés de reconstruire l’identité artistique, les étapes créatrices et l’évolution des particularités stylistiques du grand artiste à partir de copies d’élèves dispersées dans toute l’Europe, sans possibilité de les classer selon un ordre chronologique, ni d’établir de façon formelle la paternité du modèle. Le parallélisme avec l’art figuratif n’est certes pas parfaitement symétrique, mais celui qui étudie Carissimi se trouve dans une situation analogue, pris dans mille problèmes d’attribution, obligé de plonger dans un monde totalement dépourvu de références chronologiques, certain d’avoir reconnu la marque indubitable de l’auteur dans une œuvre qui quelques années plus tard est attribuée avec certitude à une autre main – et il ne s’agit pas là d’un cas isolé dans l’histoire des études concernant Carissimi ; c’est pour cette raison qu’aujourd’hui encore il n’y a pas de monographie exhaustive sur ce compositeur, et que les études musicologiques qui lui sont consacrées, assez sporadiques, souffrent de cette lacune structurelle de son historiographie.